易基因｜靶基因DNA甲基化测序（Target-BS）

大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。

对目标基因/CpG 位点甲基化检测，建立灵活的靶向甲基化测序技术。易基因建立的靶基因甲基化高通量测序（Target Bisulfite sequencing，Target-BS）是针对已有目标基因panel组合，运用易基因自主研发的甲基化特异性多重PCR引物设计软件，对亚硫酸盐转化后的目标基因多重扩增，建库后进行超高深度（1000X以上）甲基化精准检测。

应用方向：

Target-BS广泛用于已知位点的甲基化Biomarker筛选、验证及临床转化应用

Ø 后续目标基因的甲基化验证

技术优势：

Ø 多基因多重扩增，检测通量高；

Ø 超高深度亚硫酸盐甲基化测序，相对于传统BSP克隆测序，检测灵敏度、准确性高，可准确检测到样本中低于1%的甲基化水平；

Ø 样本需求量低，20ng基因组DNA可实现多基因扩增；

Ø 适用范围广，对基因组DNA、FFPE样本、游离cfDNA等样本均适用；

Ø 检测费用显著低于现有技术、快周期、超高性价比。

技术路线：

实验策略：

分析内容：

送样要求：

经典案例：

Vitamin C Prevents Offspring DNA Methylation Changes Associated with Maternal Smoking in Pregnancy靶基因DNA甲基化测序验证补充维C可减少后代因母亲妊娠期吸烟而发生的DNA甲基化变化

1、背景

妊娠期吸烟可能导致婴儿出生后终生肺功能下降。此前已有不少研究描述了孕妇吸烟相关的的DNA甲基化变化，如在分娩时的胎盘和脐血、胎儿肺以及儿童时期的口腔上皮和血液中。本研究为确定补充维生素 C 是否会减少后代因母亲因妊娠期吸烟而发生的甲基化变化。

2、方法

对胎盘、脐带血样本和口腔样本进行靶向重亚硫酸盐测序，然后使用靶基因DNA甲基化测序对选定的脐带血差异甲基化区域进行独立验证。

3、结论

安慰剂组和非吸烟者组之间甲基化差异≥10%的大多数CpG（69.03%）在补充维生素C后，至少50%可恢复到非吸烟者水平。恢复的CpG中有相当一部分与低甲基化CpG富集程度较高的表型结果相关。

靶基因DNA甲基化测序覆盖的所有321个CpG是平均覆盖深度的 337 倍

Target-BS用于甲基化多位点甲状腺结节诊断

Target-BS发现食管鳞癌甲基化 biomarker

参考文献：

① Targeted bisulfite sequencing identified a panel of DNA methylation-based biomarkers for esophageal squamous cell carcinoma (ESCC)，DOI 10.1186/s13148-017-0430-7

② Identification of Tissue-Specific DNA Methylation Signatures for Thyroid Nodule Diagnostics，DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-18-0841

③ Investigation of measurable residual disease in acute myeloid leukemia by DNA methylation patterns，http://doi.org/10.1038/s41375-021-01316-z

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