find_circ详细使用指南

首先fine_circ是在py27运行，需要numpy和pysam这两个库，pysam不支持windows系统，所以建议在linux下运行。使用到软件VMWare,pycharm。

1 pysam安装

首先先尝试pip install pysam或者conda 指令，如果失败，在加上镜像文件试一次，如果还失败，请使用wheel文件安装。

2 bowtie2和Samtools安装

参考以下链接：

科学网—Bowtie2和Samtools软件更新 - 卢锐的博文

3 Circ_find的使用

（1）bowtie2生成基因组索引

首先使用bowtie2生成.bam排序文件，其他的比对程序也可以，能产生bam文件的都可以

（2）