Exomiser对外显子组变体进行注释和优先排序

Exomiser - 一个对外显子组变体进行注释和优先排序的工具。

从一个VCF文件和一组使用人类表型本体（HPO）编码的表型开始，它将对可能的致病变体进行注释、过滤和优先排序。该程序根据用户定义的标准来做，如变体的预测致病性、在人群中的出现频率以及给定的表型与人类和模式生物数据中已知的患病基因表型的匹配程度。

变体的功能注释由Jannovar处理，并使用UCSC、RefSeq或Ensembl KnownGene转录本定义和hg19或hg38基因组坐标。

根据用户定义的关于变异频率、致病性、质量、遗传模式和模式生物表型数据的标准，对变异进行优先排序。预测的致病性数据从dbNSFP资源中提取。变体频率数据来自1000基因组、ESP、TOPMed、UK10K、ExAC和gnomAD数据集。这些频率和致病性数据的子集可以被定义，以进一步调整分析。跨物种表型比较来自于我们的PhenoDigm工具，由OWLTools OWLSim算法提供支持。

Exomiser是由柏林夏里特大学医学遗传学和人类遗传学研究所的计算生物学和生物信息学小组、桑格研究所的小鼠信息学小组和Monarch倡议的其他成员开发。

软件和数据下载

hg38参考基因组用的是exomiser-cli-13.0.1版本（https://github.com/exomiser/Exomiser/releases），exomiser-cli-13.0.0版本有bug，运行不了。

软件配置和使用

### 1.解压软件和数据
unzip exomiser-cli-13.0.1-distribution.zip
# 先建好data文件夹
unzip 2109_*.zip -d exomiser-cli-13.0.1/data

### 2.配置application.properties和.yml文件

# 注：application.properties文件中选择参考基因组版本（hg19或hg38），exomiser.data-directory的位置要正确（注释数据）；.yml文件中，vcf文件位置填绝对路径，vcf文件要有头文件，输出文件的文件夹要存在，要输入表型相关的HP号（hpoIds）。

### 3.运行软件
# 在软件目录下运行
java -jar exomiser-cli-13.0.1.jar --analysis /path/to/your/analysis-exome.yml

# 在.yml文件所在文件夹中运行
java -jar /path/to/your/exomiser-cli-13.0.1/exomiser-cli-13.0.1.jar --analysis Sample202211proband-analysis-exome.yml --spring.config.location=/path/to/your/exomiser-cli-13.0.1/application.properties

The Human Phenotype Ontology 查询

https://compbio.charite.de/phenomizer/

https://hpo.jax.org/app/​​​​​​​

参考

https://github.com/exomiser/Exomiser