使用 AnnotationDbi 转换 R 中的基因名称

在 R 和几个 R/Bioconductor 包中，有许多方法可以将基因登录号或 id 转换为基因符号或其他类型的 id，以促进这一过程，包括AnnotationDbi、annotate和biomaRt 包。在这篇文章中，我们将学习如何使用AnnotationDbi和 org.Hs.eg.db 包转换基因 ID。您可能会修改此代码以与其他物种一起使用，例如带有 org.Mm.eg.db包的老鼠。

例如，假设我们有一个存储在 M1 中的基因表达矩阵，该矩阵是从您从 GEO 下载的 eset 对象创建的。我将在本例中使用的研究是 白血病干细胞表达特征与急性髓性白血病的临床结果相关，该研究以登录号GSE24006 保存在 GEO 上 。要查看有关如何生成表达式集 (eset) 对象的脚本，请参阅帖子 –从 GEO 检索基因表达数据对象和矩阵。

# Convert you eset object to a matrix with the exprs() function
library(Biobase)
M1 <-