当前位置：网站首页>Seurat转h5ad总结

Seurat转h5ad总结

2022-06-26 15:02:00 【qq_45759229】 

# 安装并加载 SeuratData中的pbmc3k数据集
# library(SeruatData)
# 1.---->install.packages("/Users/xiaokangyu/Desktop/单细胞学习/单细胞数据集/pbmc_3k/pbmc3k.SeuratData_3.1.4.tar.gz",repos=NULL,type="source")
# 2.---->library(pbmc3k.SeuratData)
# 3.---->pbmc3k=LoadData("pbmc3k")
rm(list=ls())
setwd("/Users/xiaokangyu/Desktop/单细胞学习/单细胞数据集/pbmc_3k/")
library(Seurat)
suppressMessages(library(SeuratDisk))
library(SeuratData)
## create Seurat object
#pbmc3k <- CreateSeuratObject(data,meta.data = label)
library(pbmc3k.SeuratData)
pbmc3k=LoadData("pbmc3k")
pbmc3k@meta.data$seurat_annotations=as.character(pbmc3k@meta.data$seurat_annotations)
SaveH5Seurat(pbmc3k, filename = "pbmc3k.h5Seurat")

Convert("pbmc3k.h5Seurat", dest = "h5ad")
原网站

版权声明
本文为[qq_45759229]所创，转载请带上原文链接，感谢
https://blog.csdn.net/qq_45759229/article/details/125466770

边栏推荐

猜你喜欢

随机推荐